En la época de dominación musulmana Monzón estaba disputado por los Banu Sabrit de Huesca y los Banu Qasi de Zaragoza. En el siglo XI pertenecía a los Banu Hud y fue tomada por El Cid en 1083. A los cristianos les importaba conquistar Monzón para cortar las comunicaciones entre los reinos taifas de Zaragoza y Lérida. El infante Pedro reconquistó Monzón en 1089 durante el reinado de su padre Sancho Ramírez de Aragón. Sancho Ramírez creó el Reino de Monzón para el infante, futuro Pedro I, antes de ser rey de Aragón. Esta situación duró hasta 1126, cuando volvió a pasar a manos musulmanas durante cuatro años. Entre el año 1130 y el 1136 estuvo en poder de los cristianos, que la perderían en el periodo de 1136 a 1141 para reconquistarla definitivamente. En 1143 pasó a pertenecer a los templarios.

Durante el siglo XII la rigieron entre otros el infante Ramiro de Navarra, Tizón y García Ramírez antes de su proclamación como rey navarro. Cuando en 1143 la Orden del Temple cede sus derechos sobre la Corona de Aragón recibe a cambio entre otros el Castillo de Monzón, donde se encontrará la principal encomienda de la Corona de Aragón. El suceso de mayor importancia histórica en esta época es la residencia forzada de Jaime I de Aragón durante su minoría de edad bajo custodia del Temple. Cuando el papa Clemente V extingue la Orden del Temple, algunas encomiendas como la de Monzón resistieron, y no fue hasta el 1309 cuando se conquista. En 1317 pasa a manos sanjuanistas, aunque los hospitalarios irán perdiendo su poder progresivamente.

Monzón también fue sede en numerosas ocasiones de las Cortes de la Corona de Aragón, entre los siglos XIII al XVII. La catedral de Santa María del Romeral de planta románica y el castillo con orígenes en el siglo IX (Torre del Homenaje) acogieron a reyes y nobles.

En 1528 Carlos V celebró Cortes Generales en Monzón. Estando allí, recibió el cartel de desafío del rey francés Francisco I. El emperador aceptó el reto, aunque el duelo nunca llegó a realizarse.

Durante la Guerra de los Segadores fue tomado en 1642 por las tropas franco-catalanas dirigidas por Philippe de La Motte Houdancourt y, al año siguiente, por las tropas castellanas de Felipe da Silva.

El castillo de Monzón considerado un enclave estratégico, fue ocupado también por los franceses durante la guerra de la Independencia y recuperado en 1814 para la causa nacional por las tropas del general Copons en una audaz estratagema debida al militar español de origen flamenco Juan Van Halen, más tarde teniente general, que por el mismo medio había conseguido la toma de Lérida y Mequinenza.