Vera es un importante crisol de culturas que abarca dos milenios de historia, desde la Barea cartaginesa, la Baria romana y musulmana hasta el nacimiento de la Vera actual. Todo ello ha quedado recogido en el Archivo Histórico Municipal (uno de los más importantes del sur de España) y además reflejado en los yacimientos arqueológicos de Villaricos, en Cuevas del Almanzora (Baria, Barea) y los vestigios del Cerro Espíritu Santo, donde se encuentra sepultada Vera "La Vieja".

Bajo el dominio musulmán, la población se trasladó de la costa al interior, en el Cerro del Espíritu Santo. Fue reconquistada en 1488 por Fernando el Católico. El ejército cristiano planta sus reales en las inmediaciones y allí acudirán a prestar juramento de fidelidad los moros de las poblaciones de la comarca. En 1494 los Reyes Católicos le concedieron el título de muy Noble y muy Leal Ciudad, fueros y reconocimiento como ciudad.

En 1518 sufrió un terremoto extraordinariamente violento, que produjo 150 muertos y devastó totalmente la población, por lo que se trasladó al sitio actual. Tres de los habitantes que quedaron, tras el consentimiento de Carlos I de reconstruir la ciudad, lanzaron una flecha y donde cayó, hicieron levantar el pueblo. La nueva ciudad se edificó en 1520 y tenía planta cuadrada, cerrada por muros guarnecidos por ocho torres con almenas. Fue entonces cuando se levantó la iglesia-fortaleza de Nuestra Señora de la Encarnación, sobria en el exterior y gótico-mudéjar en su interior (al ser una Iglesia fortaleza, en el subsuelo tiene un acuífero que se empleaba para beber en caso de tener que guarecerse allí debido a una guerra. No posee un cementerio como el resto de iglesias, así que junto con la de Sevilla, son las dos únicas iglesias españolas con un acuífero debajo del suelo), la iglesia de San Agustín, la ermita de la Virgen de las Huertas y la Plaza Mayor, corazón de la ciudad.

Durante los S.XVI y XVII las sublevaciones de los moriscos y las incursiones berberiscas a raíz del asalto a Adra de 1620 provocan la inseguridad y las penurias hasta la expulsión de los moriscos del Reino de Granada.

En el siglo XVIII, los intentos de modernización dieron lugar a la creación de la Real Sociedad Económica de Amigos del País de Vera, fundada en 1775 (la cuarta que se crea en España).

El siglo XIX también fue una época dura para la ciudad debido a las epidemias, la guerra contra los franceses y la represión absolutista.

El siglo XX trajo al municipio un nuevo desarrollo económico de mano de la minería, en Sierra Almagrera (Cuevas del Almanzora), de la floreciente agricultura y, actualmente, de un turismo creciente y de una industria emprendedora.