En época romana, destaca la construcción de la Iter Ab Emerita Asturicam, que conecta Mérida con Astorga y que cruza el término municipal actual del pueblo. En el año 2001, se realizó una excavación arqueológica, aprovechando la construcción de la autovía A-66 con resultados muy positivos, encontrándose el pavimento original de la calzada romana. La calzada romana es indicio, además, de la mansio romana caelionicco o caecilio vico, ya que esta, según el Itinerario de Antonino se ubica en la milla CXXXII de la calzada. Hoy en día este miliario está desaparecido, pero coincidiría con el inicio del término de Puerto de Béjar, a la altura de la colonia de la estación. El miliario CXXXIII si que se conserva, actualmente puede encontrarse a una milla de distancia de la supuesta ubicación de la mansio siguiendo el Camino Real.

Respecto al pueblo actual, se desconoce la fecha exacta de su fundación, pero puede datarse en las repoblaciones medievales, pasando a formar parte, tras la muerte de Alfonso VII de León, del Concejo de Ávila, denominándose en la Edad Media simplemente "Puerto". Tras la creación, en 1209, de la Comunidad de Villa y Tierra de Béjar, Puerto pasó a formar parte de la misma, hecho del que respondería el "de Béjar" que posee el nombre del pueblo.

Como parte de la comunidad bejarana, tras la pérdida del voto en Cortes de Béjar y su paso a depender de Salamanca en ese aspecto a partir de 1425, hecho favorecido por el paso de Béjar y su territorio a manos de los Zúñiga en 1391. Puerto de Béjar pasó a formar parte del Reino de León, en el que se ha mantenido en las divisiones territoriales de Floridablanca en 1785 y finalmente en la de 1833 en que se crean las actuales provincias, quedando integrado Puerto en la provincia de Salamanca, dentro de la Región Leonesa.