Como la mayoría de los pueblos extremeños, Almendralejo contribuirá a la conquista americana con lo mejor de su juventud, en aquellos años decisivos cuando el buscar acomodo era una necesidad impostergable. Según el presbítero Navarro del Castillo, durante el siglo XVI, saldrán para Indias 59 personas de Almendralejo, algunas de las cuales destacarán por ofrecer señalados servicios en los territorios que les tocó vivir. Entre ellos, los más significativos son: Diego Pérez de la Torre, gobernador de Nueva Galicia (México); Martín Casillas conocido como "el Alarife", arquitecto de la Catedral de Guadalajara (Jalisco); Pedro Alonso Galeas y Diego de Paradas, capitanes destacados en la conquista de Venezuela.

En 1536, y después de una larga disputa con Mérida, Carlos I le concede la independencia jurisdiccional y el Título de Muy Noble Villa. El 23 de diciembre de ese mismo año se compraba por 32 000 ducados de oro (que se pagaron al contado) el título de Villazgo por medio del Procurador y Apoderado Diego Fernández Buenavida.

Aunque, en 1573 la localidad fue vendida a Sevilla junto con Montemolín, Monesterio, Calzadilla de los Barros y Medina de las Torres, por 45 000 ducados, volvió a ser parte de la Orden de Santiago cinco años después. Así, en 1594 formaba parte de la provincia de León de la Orden de Santiago y contaba con 900 vecinos pecheros.

En 1603 empezó la construcción del Ayuntamiento, en la Plaza de España. El 1 de noviembre de 1696, el rey Carlos II concedió el privilegio de Villa Realenga, con su jurisdicción, señorío y vasallaje, al término del importe pagado en 1665, por su compra. Para entonces, Almendralejo contaba con 28 calles, tres plazas y 2000 habitantes. También de esta época procede el primer mapa del municipio, que hoy se encuentra en archivo general del Reino, en Salamanca.

En 1808, en plena Guerra de la Independencia Española, Juan Nieto y Aguilar, segundo Marqués de Monsalud y Coronel de los Reales Ejércitos, se prestó a reunir bajo su mando a todos los vecinos de la Villa y pueblos aledaños para luchar en las batallas de Medellín y La Albuera. El 1 de abril del siguiente año la población fue tomada por las tropas francesas, siendo liberada por el propio Marqués de Monsalud meses más tarde aunque, de nuevo fue sitiada bajo mando francés en 1822.

A la caída del Antiguo Régimen la localidad se constituye en municipio constitucional en la región de Extremadura. Desde 1834 es sede del Partido judicial de Almendralejo.3 En el censo de 1842 contaba con 1502 hogares y 5810 vecinos.

El año 1847 fue propicio para la historia de la localidad. El 23 de agosto, en la finca Sancho, propiedad de Antonio Martínez, a unas mil varas de la población, el jornalero Juan Aguilar, acompañado por Bartolomé Giraldo, Pedro López y José García, descubrió el Disco de Teodosio, una bella reliquia de plata de la época romana que, tras su compra por dicha institución por 27 500 reales de vellón, se conserva en Madrid, en el Gabinete de Antigüedades de la Real Academia de la Historia. Años más tarde, en 1900, el quinto Marqués de Monsalud, Mariano Carlos Solano Gálvez, muy aficionado a la arqueología y gran coleccionista, descubre la Estación Neolítica de la Vega de Harnina, verdadero museo del arte neolítico debido a la cantidad y variedad de las piezas encontradas.

El 26 de enero de 1851, Isabel II concedía a Almendralejo el título de Ciudad. A efectos eclesiásticos, hasta 1873 Almendralejo perteneció a la diócesis del Priorato de San Marcos de León, año a partir del cual pasó a la jurisdicción de la diócesis de Badajoz.