Guillena ha sido habitada desde la prehistoria, como así lo demuestran las sepulturas megalíticas: dos en más o menos buen estado, vestigios de otra y noticias de una cuarta, sin descartar la posible existencia de otras no descubiertas aún y todas ellas comprendidas entre dos grandes dehesas, la de Canillas y El Serrano.

Una de las dos visibles, encontrada en la de Canillas, está situada en un lugar llamado Puerto de los Entierros. Pertenece al tipo llamadas de galerías cubiertas y por los restos de utensilios encontrados se le vincula con el círculo de la cultura portuguesa.

El otro megalito visible, encontrado entre la casa de Canillas y antigua la estación de ferrocarril de Cala, es llamado Las Canteras. Es una construcción dolménica con cámara circular, corredor y cámara accesoria, cubierta por un túmulo.

Ambos megalitos se sitúan cronológicamente en el período eneolítico ó de Bronce, pero el hallazgo de una punta de flecha de cobre y la mesa circular de ofrendas en la de Las Canteras, hacen pensar que es más actual que el del Puerto de los Entierros.

El nombre de Guillena deriva de alguna villa o casa de campo romana llamada casa de Agilius o Gaelius.

En la llamada Era de Llamas, se encuentran abundantes vestigios romanos, así como en otros lugares del casco antiguo. Entre los más importantes se encuentra la llamada Casa de Maera, que conserva un departamento subterráneo de planta casi cuadrada y cubierto por bóveda de cañón. Otro hallazgo fue el de un horno cerámico, aunque fue destruido para aprovechar sus materiales en 1947.

En la plaza de toros, empotrada en una esquina del viejo y casi destruido castillo, se encontró un fragmento de una piedra miliaria. Por ella sola, debido al escaso texto que conserva, no se podía decir mucho de su significado, pero 30 años más tarde se encontró una piedra miliaria en Santiponce, la que conservaba el texto completo. Se pudo deducir que la encontrada en Guillena marcaba la distancia entre ésta y la mansión Mons Marioru (de localización no precisa y objeto de muchas investigaciones). Con estos hallazgos se ha podido establecer relativamente el recorrido de la calzada romana nº XXII que unía la desembocadura del Guadiana con Mérida.

Fuera del casco urbano se han encontrado muchos restos romanos pero de poca relevancia:

-Ocho sepulturas alineadas pero sin contenido alguno en la dehesa de El Serrano.
-En la hacienda de La lapa, en posición invertida, un capitel corintio de mármol.
-Tanto en el cortijo El Caballero como en la Cruz de la Mujer hay restos de cauces o acueductos para llevar el agua a los núcleos urbanos.
-La Huerta del Bañuelo recibe este nombre por las construcciones hídricas que allí se han encontrado.
-En el caserío del Palmarillo hay cimientos de una importante villa rústica.
-En el Gamonal, La piedra Horadada es un importante resto de un edificio romano.

Un capitel de jaspe oscuro de inspiración corintia (S.V) y varios trozos de ladrillos con relieves a molde, de trazos sencillos, encontrados en la Casa de Maera, son los pocos restos del paso de esta cultura por nuestro pueblo.

Guillena se transforma en núcleo urbano de importancia con la
ocupación árabe, ya que tenía una situación estratégica para la defensa de los accesos a Sevilla desde Sierra Morena, pasando de ser alquería a lugar fortificado. En la crónica general se cuenta que cuando fue atacada por San Fernando, los moros que ocupaban el alcázar de Guillena (hoy día la plaza de toros) se la entregaron y éste, después de guarnecerlo con tropas cristianas, dejó que los musulmanes continuasen viviendo en la población. Durante siglos, este territorio fue un asentamiento musulmán, pero existe poca documentación de ello. El único resto descubierto es un pequeño lote de monedas de plata, de la época de los reinos taifas.

Es casi seguro que la Guliena que en los Anales Toledanos nombran, que fue saqueada por los castellanos en 1213 corresponda a la Guillena actual, pero no pasó a manos castellanas hasta 1247 con Fernando III el Santo al frente. La conquista sucedió de modo pacífico y fue de importancia vital para la conquista de Sevilla. Alfonso X el Sabio donó el señorío a sus conquistadores a fin que lo defendieran. En 1286 es instituida como villa por privilegio de Sancho IV y 33 años más tarde, Alfonso XI le otorga a la villa el uso de su escudo de armas en recompensa por la defensa de un ataque benimenir. En 1631 Perafán de Rivera, conde de la Torre, compra el señorío de Guillena y en 1639, Felipe IV le concede la jurisdicción civil y criminal.

Por otro lado, y como aparece en ciertos documentos de los siglos XIV y XVI, el Cortijo de la Torre fue centro de un extenso donadío que abarcaba desde la Rivera de Huelva hasta el arroyo Barbolí y que perteneció después de la reconquista cristiana a la reina María de Molina. La reina castellana lo vendió después a un abad de Hervas. A finales del S. XIV pertenecía ya a los dominios de la Casa de Rivera, a la que quedó vinculada. En 1449, Juan II concedía a Perafán de Ribera la facultad de poder realizar dehesas en Torre de la Reina. A partir de entonces, comenzó a llamarse Torre de Perafán, aunque nunca se olvidaría su antigua designación de Torre de la Reina