Surge la población al lado de un Monasterio; consagrado a los Santos Facundo y Primitivo; que fue destruido y reconstruido varias veces y que adquiere gran importancia en el reinado de Alfonso III “El Magno”, llegando a su mayor esplendor en el reinado de Alfonso VI, quien le otorga privilegios y favores -como el Fuero de Sahagún- y que hizo que fuera la Abadía más importante del Camino de Santiago, llegando a extender su poder hasta la provincia de Segovia. La importancia de la Abadía en el contexto hispano fue tal que llegó a poseer su propia Universidad, privilegio concedido por Clemente VI en 1.347, con Benedicto XIII en 1.403 se podían cursar ya los estudios de Teología, Derecho Canónico y Artes Liberales, la institución alcanzó tal apogeo que llegó a intercambiar honores con la Universidad de Salamanca y proveyó de catedráticos a la de Alcalá de Henares, siendo matriz de la orden de San Benito en España hasta el siglo XVI.
El 25 de Noviembre de 1085, una carta de Alfonso VI extendía leyes, fueros y exenciones a cuantos quisieran venir a poblar la nueva villa de San Facundo.
El número inicial de sus habitantes no bajó de 8.000. Se dijo villa y no ciudad por ser señorío no episcopal, aunque solamente a 50 años de su carta poblacional tuviese ya 12.000 habitantes.