El municipio tomó su nombre del santo Millán (evolución al Idioma español del nombre en latín Æmilianus o Emiliano), anacoreta que fue alumno de San Felices y vivió del 473 al 574, y creador de la comunidad mixta de eremitas de Suso, que luego daría lugar a uno de los focos culturales más importantes de la época medieval en el sur de Europa.

Por esas fechas existía en el lugar una iglesia llamada de San Jorge, que sería iglesia parroquial del pueblo hasta 1542, en la que se encontraba la sepultura de Santa Potamia, discípula de San Millán. Esta ermita, del siglo XII, se conserva en la actualidad a la entrada del pueblo, junto al Río Cárdenas, y está considerada una de las iglesias consagradas más antiguas de La Rioja.

La localidad está compuesta por cuatro barrios.

San Millán de Suso.
El barrio más antiguo es el denominado tradicionalmente "Santurde" que, según datos existentes en el archivo monacal del Monasterio de Suso, existía ya en el siglo IX. Tras la construcción del Monasterio de Yuso, el pueblo se fue extendiendo hacia él formando otro barrio, denominado "Barrionuevo", que en la actualidad ocupa la práctica totalidad de la localidad.

Otro barrio, creado a partir del siglo XIV, es el "Prestiño", que circunda el Monasterio de Yuso en su parte norte y este, en el que destacan construcciones relacionadas con el monasterio, tal como el antiguo hospital del Monasterio y molinos y almacenes que se transformaron en viviendas con el paso del tiempo.

El barrio más apartado es "Lugar del Río", situado a 2 km aguas arriba del Cárdenas. Es un lugar tranquilo y apacible rodeado de prados, choperas y estampas clásicas de montaña.

Entre los siglos XVI y XVII, se levantó el Monasterio de San Millán de Yuso (o de abajo), de grandes proporciones denominado desde los años 1960 el "Escorial de La Rioja". Este monasterio fue uno de los más influyentes en la época medieval en la península Ibérica y fue el centro religioso de muchas zonas de La Rioja, Burgos, Soria, Palencia y Álava.

En 1997 los monasterios de San Millán de la Cogolla, Suso y Yuso fueron catalogados por la UNESCO como Patrimonio de la Humanidad.