Aparece mencionado en el Voto de Fernán González "Omnes villas de rivo de Alesanco, el rivo de Cárdenas de vertice usque ad Naxeram".

En 992 el rey de Pamplona y Aragón, Sancho Garcés II de Navarra, Abarca, su esposa doña Urraca Fernández y su hijo García Sánchez el Trémulo, ofrecieron al Monasterio de San Millán de la Cogolla el lugar de Cárdenas por el alma del infante Ramiro que había fallecido aquel mismo año.

El rey de Pamplona, Sancho Garcés IV de Navarra el de Peñalén en 1064, al mismo monasterio y a su abad Pedro, de la granja llamada villa de Cardinis, que su antecesor Sancho II había cedido a San Millán.

Poco antes de que Sancho IV fuera asesinado por sus hermanos Ramón y Ermesinda en Peñalén, visitó el monasterio junto a su mujer doña Placencia de Normandía y donó a San Miguel las villas de Cardinas Mayores y Menores (28 de febrero de 1076). El rey se titulaba "Naiarensis Rex" y reinaba en Pamplona, Alava y Nájera.

Fue villa realenga y hasta la creación de la Provincia de Logroño por Real Decreto de 30 de noviembre de 1833, perteneció a la Provincia de Burgos.

Cárdenas y Nájera se disputan el lugar de nacimiento de Andrés Amutia de San Juan, escultor y autor del coro alto de Monasterio de Santa María la Real de Nájera, del coro de San Benito el Real de Valladolid y del coro alto de la catedral de Santo Domingo de la Calzada.