En el término municipal de Badarán se encontraron restos prehistóricos que demuestran la existencia de población durante el Paleolítico. Posteriormente, en tiempo de los romanos, también se han encontrado asentamientos.

La localidad nace en el camino que unía el Monasterio de San Millán de la Cogolla, con Nájera. El nombre del núcleo tiene origen vasco, estando compuesto de dos palabras muy identificables según los analistas del euskera bad ('uno o primero') y aran ('valle'), quedando definido como 'primero en el valle', adecuándose a la ubicación del pueblo por donde circula el Río Cárdenas. El primer documento escrito en el que aparece es una escritura de donación del lugar al Monasterio de San Millán en el siglo X.

Había tres aldeas cercanas a Badarán llamadas Villagonzalo, Terrero y Villorquite. El 15 de mayo de 1326 los cuatro lugares se unieron y formaron el actual municipio de Badarán. El Privilegio de la unión fue solicitado por el Abad de San Millán, Diego López, al rey Alfonso XI de Castilla, que lo dio en Burgos.

La presencia humana en el Valle de San Millán donde circula el río Cárdenas desde la Edad de los Metales parece continua. Pruebas de la presencia de gentes celtíberas son el ara votiva dedicada al dios Dercetio (montes Distercios, San Lorenzo) descubierta entre Berceo y San Millán, las pesas para telar del yacimiento de Humede, típicas del pueblo Berón y el epígrafe del ara dedicada a las Matres Apillarae que se puede visitar en Badarán. También se han encontrado piezas de monedas fruto del contacto de los naturales con los pueblos colonizadores.

La presencia romana es clara e importante en la zona riojana donde se asienta Badarán, siendo Tricio el punto de referencia. Ahora bien, la importancia de la tierra de Badarán en el tiempo que Roma dominó la actual La Rioja fue secundaria. Esto no quita para que en el término municipal de Badarán se hayan localizado numerosos restos de tejas y ladrillos romanos, sillares y otros elementos arquitectónicos, fragmentos de terra sigillata, moldes para decorar cerámica, etc. que indican una continuada presencia romana a lo largo de los siglos, desde el I d.C. hasta más allá del IV, bien es cierto que siempre vinculada a la cercana Tritium. De este tiempo lo más destacado es el yacimiento de Sobrevilla donde se localizaba una Villae y no de entidad menor, termas incluidas, dedicada a la agricultura y más a la alfarería a tenor de las escorias y moldes que han aparecido. En esta área también se pueden encontrar monedas de bronce de los siglos III y IV d. C. así como cerámica con representación de dioses egipcios. La actividad alfarera de carácter romano de la zona de Badarán, de todo el entorno del valle del río Najerilla, se prolongó lo suficiente como para que se haya encontrado una cerámica estampillada con una figura masculina con una orla alrededor de la cabeza y la mano derecha cruzada sobre el pecho que ha sido, con reservas, interpretada como la representación de un santo, uniendo así, el mundo romano con el cristiano.

En una bula de 1199 por la que se concedían privilegios al monasterio de San Millán de la Cogolla ya aparecía nombrada como Badaran. La terminación -ran hace pensar en un origen germánico,3 sin embargo para González Bachiller el topónimo es una forma tautológica vasco-románica: "valle de Arán". Dado que Galmés explica Badalona a partir del protoindoeuropeo bad, "foso, hoyo", que en ibérico da étimos como ibatis, "río, agua", debe tratarse de un foso que se encuentra en un valle.