Se cuenta en Navarrete que su nombre está en relación con el límite con Navarra que, en tiempos, se establecía por la zona. Precisamente su fundación tiene que ver con el deseo de los reyes castellanos por defender sus territorios, frente a los reinos vecinos.

Por esa razón, Alfonso VIII propuso a los habitantes de las antiguas aldeas de la zona que se reunieran en un lugar defensivo. Estos poblamientos se conocían con el nombre de Corcuetos y lo componían San Lorente, San Antolín, San Pedro y Nuestra Señora del Prado, reuniendose su población en torno al castillo fortificado, levantado en el cerro Tedeón, fundándose así la nueva villa de Navarrete.

A sus habitantes se les concedieron importantes fueros a partir de 1192, alcanzando la villa gran importancia. Teniendo como aldeas a Fuenmayor, Hornos, Daroca y Sotés, formaban una gran mancomunidad llamada De las Villas del Campo, teniendo derecho al monte de Moncalvillo. Esta mancomunidad de tierras, pastos y leñas aparece citada desde el siglo XI en un documento de la reina de Navarra, Doña Estefanía.

La villa pasó a manos de Don Juan Ramírez de Arellano, por donación del Rey Enrique II, pero llegó a poder de don Diego Gómez Manrique, Duque de Nájera, en 1380. Navarrete ha estado en litigio siempre entre el poder de los reyes, como sucedió con Don Enrique de Trastamara y Don Pedro, siendo más tarde motivo de conflicto para las dos casas nobles que dominaban la zona: los Ramírez y los Manrique.

Este linaje tiene en su haber famosos caballeros, que le dieron lustre y gloria, entre los que se encuentra el maestre De campo, Don Alonso de Navarrete, que tomó parte en la célebre batalla de San Quintín, bajo el reinado de Felipe II y que dio el triunfo a las armas españolas frente a las francesas. Fue caballero del hábito de Santiago al que apodaban "El Dentudo". Existe una carta suya en la que da cuenta el rey, de un hecho de armas del que fue protagonista:

Dice que fue a guardar cierto paso con diez banderas que sumaban ochocientos hombres y que dos horas antes de que amaneciera, llegaron los franceses con doce banderas de infantería y un buen golpe de jinetes a meterse en la tierra muy determinadamente. Afirma que él había dispuesto a su gente lo mejor que podía, la cual recibió con ánimo a los franceses y los rodeó por todas partes de forma que, a las dos horas de lucha, los atacantes tuvieron que darse a la fuga, huyendo, no sin antes dejar sobre el terreno un gran número de muertos y malheridos, entre los que se contaban muchos caballeros nobles franceses. Cuando se hizo el día, dice que los hizo seguir, que los dio alcance y que trabada de nuevo la lucha, los españoles hicieron en los franceses gran mortandad. Esta carta dirigida al rey Felipe II, continúa informando al soberano que los arcabuceros españoles "hacían un fuego del infierno" y que aquella noche la iban a recordar, los franceses supervivientes, durante toda su vida. Se queja en la misiva de que la caballería alemana, que debía haberlos apoyado, se mantuvo quieta y que de no haberlo hecho "doy al diablo al francés que a Francia vuelve".

De los muy nobles caballeros de este linaje hay que citar a Don Baltasar de Navarrete, que fue gobernador del Estado, de la reina de Polonia; en el reino de Nápoles, Don Juan de Navarrete, nieto de Navarrete "El Dentudo", murió de un arcabuzazo que paró con el pecho en 1.578, después de haber tenido la gloria de asaltar, el primero, la trinchera enemiga y clavar, en ella, la bandera de España.