La villa de Santo Domingo tiene su origen al lado de un camino, constituyendo primero el Barrio Viejo y después añadiendo el Barrio Nuevo a modo de prolongación. Esto originó un pequeño burgo, lo que dio lugar al nombre que se conserva en la actualidad, Barrio del Margubete. En sus inicios en el siglo XIII, el burgo era defensivo y protector, ya que funcionaba como frontera dentro de los reinos cristianos, además de su función de proteger al peregrino que se dirigía hacia Santiago de Compostela. Pedro I fue quien mandó construir las murallas en sus últimos años de mandato, de modo que fortificó todo el perímetro de la ciudad entre el 1367 y 1369, aunque sea un trabajo con modificaciones durante los siglos posteriores. Se construyeron primero los torreones y luego los muros. En su origen los torreones tenían 12 metros de altura, mientras que el muro era de 8 metros, aunque parece ser que la altura no era uniforme. En general era de piedra de sillería el exterior y el interior, rellena de piedra de río, con un espesor aproximado de 2 metros. Su trabajo de construcción fue rápido para la época en la que se hizo.

Una gran parte de los restos que se conservan están en estado de abandono, llegando a peligrar diversos elementos de varios torreones, que presentan grietas alarmantes.

Los elementos que se encuentran en mal estado son 6 torreones y unos 300 metros de muro, situados mayoritariamente en la avenida de Burgos, y presentan grietas, fisuras, desprendimientos, lesiones estéticas por la apertura de huecos y elementos adosados. Otros elementos tienen un buen estado de conservación, pero con deficiencias como humedades, suciedad, erosión atmosférica o alteración de su estructura, es el caso de dos torreones y unos 150 metros de muro. Por otra parte, existen tres torreones y algunos paños sobre los que se ha actuado, que abarcan alrededor de 50 metros de metros, con resultados varios.

Se realizó en su día un Plan Director, que ha sido aprobado por la Comisión de Patrimonio de La Rioja.