Comenzaremos la segunda Etapa en la Plaza de la Iglesia «Iglesia Mayor de San Pedro y San Pablo» de San Fernando.
Desde la iglesia, saliendo por la derecha de la portada principal, seguiremos por toda la c./ Real (a 200 m. tenemos el Antiguo Palacio de Capitanía General y el Museo Naval de San Fernando) hasta «Monumento a Camarón de la Isla» (500 m).
En este punto tendremos que cruzar la vía del tranvía Cádiz-Chiclana y, dejando a nuestra derecha el monumento a Camarón, seguiremos por la calle donde están el Servicio Andaluz de Salud y el Centro Salud San Fernando Dr. Cayetano Roldán hasta la Plaza Juan Vargas (615 m), que cruzaremos, para seguir por la Avda. del Cid, Paso de peatones (845 m), y cruzar el «Puente del Gran Poder» sobre la CA-33 (1 km).
Después de cruzar este puente seguiremos toda la Ctra. de la Carraca hasta pasar por debajo del puente de las vías el ferrocarril.
Nada más pasarlo giraremos a nuestra derecha (2 km).
Seguiremos c./ Navío San Juan Nepomuceno hasta alcanzar el sendero «Vías Verdes San Fernando-Puerto Real», dejando la vía del tren a nuestra derecha (2,36 km).
Después de cruzar este puente seguiremos el carril de servicio de RENFE paralelo a la vía férrea hasta Puerto Real, dejando a la izquierda las marismas del «Parque Natural Bahía de Cádiz» y el «Arsenal de la Carraca».
Al terminar el sendero encontraremos el Punto Limpio (9,30 km), ya en Puerto Real, deberemos girar a nuestra izquierda y subir la ligera pendiente.
Atravesaremos el aparcamiento para llegar a una rotonda donde giraremos a la izquierda para seguir por la Avda. José María Fernández Gómez (9,55 km).
En la siguiente rotonda seguiremos de frente para continuar por la c./ Algeciras hasta llegar a la Avda. de Cádiz.
En el semáforo (11 km) cruzaremos la carretera de circunvalación, girando a la izquierda, para incorporarnos por la c./ Trafalgar al Paseo Marítimo.
Seguimos el Paseo Marítimo hasta c./ Leñadores (11,4 km) por donde subiremos y seguiremos hasta la confluencia de las c./ Las Palmeras y Plaza (11,5 km).
Seguiremos por c./ La Plaza hasta llegar al antiguo ayuntamiento de Puerto Real, en la Plaza de Jesús (12,2 km).
Finalizando el tramo 2 de la Vía Augusta en esta Plaza.