San Juan nació en 1080 en Quintanaortuño (Burgos), peregrinó a Jerusalén y a su vuelta decidió dedicar su vida a proteger a los peregrinos. Por ello edificó una iglesia y un hospital para peregrinos. Su actividad jacobea hace que construya el camino entre Agés y Atapuerca, y construye varios puentes en colaboración con Santo Domingo, en Nájera y Logroño. Muere en 1163 y es enterrado en el templo que él construyó. Hasta 1431 los Canónigos Reales atenderán las instalaciones y desde entonces hasta la desamortización, los Jerónimos, con éstos, desaparece la vida monástica. Laffi en 1670 alaba la gran caridad con que se atiende allí a los peregrinos.

San Juan de Ortega

La iglesia monástica la hizo construir el santo en 1152, el templo no se finaliza hasta el s. XV. Destacan los capitales de las columnas, de temática muy variada. En el centro del crucero, un baldaquino del gótico florido que algunos atribuyen a Juan de Colonia, cobija el sepulcro del Santo, fue mandado construir en 1464 por Pedro Fernández de Velasco, en los laterales se representan escenas de la vida de San Juan. En 1966 se construyó una cripta en la que se colocaron los restos del santo en un sencillo sepulcro. Junto a él, un sepulcro románico del XII destinado a guardar los restos del santo, finalidad que nunca cumplió.

Sepulcro del Santo

La capilla de San Nicolás de Bari, aneja al Monasterio, fue mandada construir por Isabel la Católica en 1477. Al lado de una hospedería con patio del s. XVI.